人们难以从一个碱基序列来预测RNA结构，部分是由于如与尿嘧啶相结合的鸟嘌呤这样的“非Watson-Crick”碱基对的出现；这些误配被认为有助于RNA的结构稳定性。现在，随着小RNA分子在细胞调控中的重要性被人们所认识，寻找确定RNA结构的更有效方法便成为一个迫切需要。Marc Parisien 和François Major提出了一些算法，它们可以说是在仅用序列来确定RNA结构方面所取得的一项重要技术进步。这些算法将所有碱基配对互动关系都考虑了进去，从而获得三维结构。这种分析的结果不仅能产生基态结构，而且能产生其他可以实现的结构，如由诱导契合所引起的结构。
